L'attività di ricerca di Michele Manunta riguarda principalmente lo sviluppo di metodologie ed algoritmi per l'elaborazione di dati DInSAR a piena risoluzione spaziale per lo studio ed il monitoraggio delle deformazioni della superficie terrestre dovute a fenomeni naturali (frane, terremoti, vulcani) o a carico di strutture antropiche (edifici ed infrastrutture).